1999年2月，杀人鬼回来了！　　1995年在日本发生的连续猎奇杀人事件，因嫌疑人遇到车祸住院而草草结案。如今疯狂的犯罪再次出现，恐怖的气氛来袭，原嫌疑人的嫌疑被洗清，到底谁才是这一系列事件的凶手？　　解决都市不可思议事件的伽蓝堂的成员开始展开调查，两仪式准备以自己的匕首结束这一切。但决战之前，

　　“荒耶，你在追求什么？”“真正的睿智。”“在哪里追求？”“只在自己的心里。”　　1998年11月，胭条巴遇到了两仪式并被她吸引。胭条巴每晚都做噩梦，自己犯下的罪行不断重现。两仪式为了调查事件的真相，前往胭条巴的寓所，却不知道，他们不知不觉已经进了敌人的圈套——复杂的“矛盾螺旋”。　　而在这一切的

　　1998年06月，意外事故后昏睡两年的两仪式苏醒了。　　18年的记忆没有了，两仪织的人格也代替两仪式死去了。只有名为“黑桐干也”的男子守护在自己的身边。还有眼前奇怪的现象。两仪式获得了直视万物死之线的异形之力“直死之眼”。　　黑桐干也的上司，苍崎橙子，来到医院接触两仪式，教导她“直死之眼”的使用

　　1995年9月，16岁的两仪式与黑桐干也相遇了。　　男孩子气的两仪式穿着和服来到学校，特殊的她与任何人都没有交集，除了黑桐干也。二人产生了某种关联，并开始了安稳的校园生活。　　同时，街上出现了连续猎奇杀人事件。由于警察朋友的关系，黑桐了解了一些内幕，他感到这个事件与式的双重人格有某种关系。　　两

　　小泽晴香（藤村歩）是一个个性独立坚强的少女，可是外表开朗的她却隐藏了一段不为人知的悲惨过去，终日被愧疚之情困扰的她，在某一天敲开了改变她命运的大门。在电影研究会中，晴香遇见了谜一般的男子齐藤八云（小野大辅 配音），黑发赤眼的他便是传说中左眼能够看到死灵的灵能力者。在八云的帮助下，一直以来为了姐姐

　　承受着残酷命运的少女露恩•芭洛特（林原惠美 配音）与强敌鲍伊德（矶部勉 配音）进行着实力悬殊的惨烈战斗，危急时刻，号称万能兵器的犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）出现，拯救了濒临死亡的芭洛特。当芭洛特再次醒来，发现自己正置身于传说中的禁忌科学诞生之地——“乐园”实验室，再次她见识了许多奇怪

　　在万能兵器犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）的协助下，潜入奢华无比但凶险非常的赌场“乐园”的少女露恩·芭洛特（林原惠美 配音）经过连番赌局，终于挫败技术高潮的装甲艾许雷，在筹码上百万美金的赌局中获胜，并且成功拿到藏有榭尔（中井和哉 配音）记忆的筹码。可与此同时，鲍伊德（矶部勉 配音）紧追不

　　在科技高度发达的未来世界，繁华堕落的马杜克市，醉生梦死，纸醉金迷。受万千宠爱、养尊处优的美丽少女露恩•芭洛特（林原惠美 配音），虽然从赌场经营者榭尔（中井和哉 配音）那里得到一切，但却抑制不住想要探寻自己真实身份的渴望。她的念头似乎触怒了专横的榭尔，因此惹来杀身之祸。危急之时，芭洛特得到犯罪搜查

　　在本作舞台的2030年代世界中，被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理，所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致，但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年